Al eeuwenlang zijn teddyberen verwikkeld in een heilige oorlog tegen hun gezworen vijand, de eenhoorns. In een militair kamp worden de schattige teddyberen meedogenloos getraind en omgevormd tot moordmachines. Hun generaals en de teddybeerreligie benadrukken voortdurend dat teddyberen superieure wezens zijn en natuurlijke leiders van alle dieren zouden moeten zijn. In het verleden werden ze, toen ze probeerden alle andere soorten te onderwerpen, verslagen door de eenhoorns en verbannen uit het bos. Nu is het heilige plicht van de teddyberen om de eenhoorns uit te roeien, de teddybeer die de laatste eenhoorn doodt, zal mooi en onsterfelijk worden. Het blijkt echter lastiger dan gedacht om de taaie eenhoorns uit te roeien, en expeditie na expeditie van beren wordt het bos ingestuurd, om nooit meer terug te keren...

In Unicorn Wars volgen we de avonturen van twee teddybeerbroers: de gemene en doortrapte Azulín en de knuffelige Gordi. Terwijl Gordi vriendschap probeert te sluiten met iedereen, droomt Azulín van eeuwige roem en is hij bereid alles op te offeren, zelfs zijn medesoldaten, om de voorspelde beer te worden die de laatste eenhoorn doodt. De broers krijgen hun kans om te schitteren wanneer hun regiment wordt uitgezonden om de vermissing van een verkenningsgroep te onderzoeken. Maar al snel ontdekken ze dat het bos een gevaarlijke jungle is en dat oorlog een hel is.