In het Pine Ridge Reservaat in de staat South Dakota wonen Matho en Bill, twee Oglala Lakota jongens. Bill is een 23-jarige jonge man en vader van twee kinderen bij twee verschillende vrouwen. Ondernemend als hij is, ziet Bill overal een kans om aan geld te komen, bijvoorbeeld met het fokken van poedels.

Tijdens een van zijn betaalde klusjes ontmoet hij Tim, een rijke kalkoenhouder die een ranch heeft net buiten het reservaat en Bill een baantje aanbiedt. Ondertussen kan de 12-jarige Matho niet wachten om volwassen te worden en wil hij vooral gezien worden door zijn vader, die drugsdealer is.

Diefstal, drugsdealen met zijn vader's voorraad, Matho en zijn vrienden werken zich steeds in de nesten. Hoewel Matho en Bill elkaar niet kennen, kruisen ze elkaars pad en blijken ze veel met elkaar gemeen te hebben.

War Pony is een realistisch drama en een intiem portret over het leven in het Pine Ridge Reservaat.