Rami Malek speelt Charlie Heller, een briljante maar teruggetrokken code-expert bij de CIA, die vanuit een kelderkantoor op het hoofdkantoor in Langley werkt. Zijn leven verandert ingrijpend wanneer zijn vrouw omkomt bij een terroristische aanslag in Londen. Wanneer zijn leidinggevenden weigeren actie te ondernemen, neemt hij het heft in eigen handen en begint aan een gevaarlijke wereldwijde zoektocht naar de daders. Zijn intelligentie dient als het ultieme wapen om zijn achtervolgers te ontwijken en wraak te nemen.